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电泳方式

用于分离核酸的凝胶电泳可分为垂直型和水平型。垂直型电泳，一般用聚丙烯酰胺作为支撑物。水平型电泳，凝胶板完全浸泡在电极缓冲液下1-2mm，也称为潜水式，一般使用琼脂糖作为支撑物。可根据待检测核酸分子的大小，选择电泳方式。

目前使用更多的还是水平型电泳。因制胶和加样比较方便，电泳槽简单，易于制作，又可根据需要制备不同规格大小的凝胶，节约凝胶，因而较受欢迎。

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电泳凝胶浓度与检测分子量大小的关系

在一定浓度的琼脂糖凝胶中，DNA片段迁移距离和其含有的碱基对数量呈反比，因此可通过与标准条带（Marker）迁移距离进行比较，由此得出目的条带的大小。但此检测方法，仅对双链线性DNA比较准确（DNA Marker一般为双链线性DNA）。

同样的线性DNA分子在不同浓度的琼脂糖凝胶中的迁移速度不同，DNA电泳迁移率的对数和琼脂糖凝胶浓度呈线性关系，凝胶浓度的选择取决于待检测的DNA分子大小。小分子DNA应选择对应浓度的PAGE凝胶电泳完成检测，而更大的DNA分子建议使用脉冲场凝胶电泳。

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核酸分子构象与电泳迁移率的关系

DNA分子在电场中的迁移速度不仅和分子量有关，还和它本身的构象有关。相同分子量的线性、开环和超螺旋DNA在琼脂糖凝胶中的移动速度是不一样的。移动速度次序为：共价闭环DNA>线性DNA>开环DNA。

当琼脂糖浓度太大时，环状的DNA一般不能进入胶内，而停留在样品孔中。

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电泳电压的确定

在低电压时，线性DNA片段的迁移速率和所加电压呈正比。电压增加，琼脂糖凝胶的有效分离范围将缩小。

电泳时，电压建议为5-8V/cm。电压过低会导致条带弥散；电压过高会使凝胶过热和DNA变性，还可能出现条带弯曲等带型，影响检测结果。

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DNA电泳常见问题分析及解决方案